Расследование начинается с прибытия двух федеральных маршалов на мрачный, отрезанный от мира остров у побережья Массачусетса. Их миссия кажется на первый взгляд рутинной: найти сбежавшую пациентку лечебницы для душевнобольных преступников, которая бесследно исчезла из своей камеры. Однако уже с первых минут пребывания в массивном, продуваемом всеми ветрами здании Шаттер Айленда становится ясно, что ничего обычного в этом деле нет. Атмосфера пронизана скрытой угрозой, персонал во главе с главным психиатром ведет себя подозрительно уклончиво, а сами пациенты, содержащиеся в этом учреждении, представляют собой галерею самых опасных умов. Маршалы быстро понимают, что им не просто придется искать пропавшую женщину, а размотать клубок намеренной дезинформации и полуправд, где каждый обитатель острова, включая врачей, хранит свои мрачные секреты. Чем глубже они погружаются в расследование, тем больше стирается грань между реальностью и паранойей, а доверие к собственному восприятию начинает давать трещины. Ситуация усугубляется, когда над островом обрушивается чудовищной силы ураган, отрезая маршалов и всех присутствующих от материка и любой возможности получить помощь. В условиях разбушевавшейся стихии тщательно выстроенный порядок в клинике рушится, давая волю первобытному хаосу. Вспыхивает смертоносный бунт пациентов, которые, воспользовавшись неразберихой, вырываются на свободу, превращая лечебницу в арену охоты. Оказавшись в ловушке среди обезумевших людей и свирепствующей бури, герои вынуждены не только бороться за выживание, но и продолжать расследование, которое теперь приобретает личный характер. Постепенно открываются шокирующие детали, связанные с исчезнувшей пациенткой и истинной, зловещей природой деятельности клиники. Финал этого противостояния разворачивается в эпицентре урагана, где правда оказывается гораздо более причудливой и ужасающей, чем можно было предположить, заставляя пересмотреть все, что казалось известным, и поставить под вопрос саму реальность происходящего.